Als strahlende und großzügige Persönlichkeit gilt Emmanuelle Bertrand als eine der prägenden Figuren der europäischen Celloszene. Sie studierte an den Conservatoires Nationaux Supérieurs de Musique et de Danse in Lyon und Paris in den Klassen von Jean Deplace und Philippe Muller und ist Preisträgerin zahlreicher Auszeichnungen und internationaler Wettbewerbe. Unter anderem wurde sie 2011 von der Zeitschrift Diapason und den Hörern von France Musique zur „Künstlerin des Jahres“ in Frankreich gewählt und erhielt dreimal den Diapason d’Or des Jahres für ihre bei Harmonia Mundi erschienenen Aufnahmen. 2017 verlieh ihr die Académie des Beaux-Arts den renommierten Interpretationspreis Simone und Cino Del Duca. Zudem wurde sie zweimal mit den Victoires de la Musique ausgezeichnet: als „Instrumentale Entdeckung“ im Jahr 2002 und als „Instrumentalsolistin des Jahres“ im Jahr 2022.

Im Alter von 25 Jahren begegnete sie dem Komponisten Henri Dutilleux, der sie als eine „wahre Offenbarung“ bezeichnete. Seitdem ist sie Widmungsträgerin von Werken von Nicolas Bacri, Édith Canat de Chizy, Pascal Amoyel, Bernard Cavanna, David Lampel, Thierry Escaich und Benoît Menut. Außerdem brachte sie Luciano Berios Chanson pour Pierre Boulez zur Uraufführung.

In dieser Zeit gründete sie auch ein Duo mit dem Pianisten Pascal Amoyel, ihrem Partner im Leben wie auf der Bühne, mit dem sie sich mit großer Leidenschaft sowohl vergessenen Werken als auch dem großen Repertoire widmet.

Fasziniert von den Verbindungen zwischen Musik und Wort arbeitete sie eng mit Laurent Terzieff an Texten von Jean-Pierre Siméon zusammen. 2005 schrieb und spielte sie gemeinsam mit Pascal Amoyel Le Block 15 ou la Musique en résistance in der Inszenierung von Jean Piat. 2011 schuf sie Le violoncelle de guerre als Hommage an Maurice Maréchal und dessen 1915 in den Schützengräben gebautes Cello. Mit diesem Programm ging sie bis 2018 auf Tournee, abwechselnd mit Didier Sandre, Christophe Malavoy, Francis Perrin, François Marthouret und Richard Bohringer. 2020 übertrug ihr Robin Renucci die Rolle der Agafia in Oblomov von Gontscharow (Tréteaux de France) und ermöglichte ihr damit, die Rollen der Schauspielerin und der Musikerin zu vereinen.

Sie tritt regelmäßig als Solistin auf, unter anderem mit dem Luzerner Sinfonieorchester, dem Orchestre Métropolitain du Grand Montréal, dem Nationalorchester der Ukraine, dem Moskauer Staatlichen Sinfonieorchester, dem BBC National Orchestra of Wales, dem Nationalorchester von Athen, dem Busan Symphony Orchestra (Korea), dem Musica Vitae Orchestra (Schweden), dem Sinfonieorchester Québec, dem RTV-Sinfonieorchester Sloweniens, dem Sinfonieorchester Wuhan (China), den Nationalorchestern von Lille, Île-de-France und Lothringen sowie den Philharmonischen Orchestern von Straßburg und Monte-Carlo.

Sie unterrichtet Kammermusik und Violoncello am Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Paris. Sie ist die erste Frau, die in der Geschichte dieser 1795 gegründeten Institution zur Professorin für Violoncello ernannt wurde.